Tanggal 5 Juli 1959 Presiden Soekarno mengeluarkan dekrit kembali ke UUD 1945, dan pembubaran Konstituante. Dekrit ini telah menimbulkan situasi politik yang runyam karena Presiden dianggap telah melakukan tindakan sewenang-wenang. Apalagi kemudian Soekarno membentuk DPR GR. Dalam situasi politik seperti iniah H. Muhammad Yunus Anis terpilih sebagai ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah periode 1959-1962 pada muktamar organisasi ini di Yogyakarta.
Tak lama setelah dekrit itu dikeluarkan, Soekarno membubarkan Masyumi, partai di mana warga Muhamadiyah menyalurkan aspirasi politik mereka. Akibatnya mereka menjadi tidak terwakili di parlemen (DPRGR). Dalam kondisi demikian itu, Yunus Anis, yang juga menjadi Imam Tentara Nasional Indonesia (TNI), diminta oleh Jenderal A.H. Nasution, agar bersedia menjadi anggota DPR GR yang sedang disusun Presiden Soekarno. Tak urung hal itu mengundang kritik dari sejumlah tokoh Muhammadiyah. Namun, kritik itu dijawabnya dengan ungkapan sederhana, bahwa keterlibatannya dalam DPR GR bukanlah untuk kepentingan politik jangka pendek, melainkan untuk kepentingan jangka panjang. Yakni, mewakili umat, khususnya kalangan modernis, yang nyaris tidak terwakili dalam parlemen.
Lahir di Kauman Yogyakarta, 3 Mei 1903, Yunus adalah putra pertama dengan sembilan bersaudara dari pasangan Kiai Haji Muhammad Anis dan Siti Saudah. Ayahnya abdi dalem Keraton Yogyakarta dan merupakan teman seperjuangan K.H. Ahmad Dahlan, pendiri Muhammadiyah, bahkan namanya tercatat dalam recht person Muhammadiyah. Ia masih ada hubungan kekerabatan dengan Sultan Mataram, dan tercatat sebagai keturunan ke-18 dari Raja Brawijaya V.
Yunus Anis memulai pendidikannya di Sekolah Rakyat Muhammadiyah Yogyakarta, kemudian dilanjutkan di Sekolah Al-Atas dan Sekolah Al-Irsyad, Batavia (Jakarta) yang dibimbing oleh Syekh Ahmad Surkati. Tamat dari pendidikan formalnya, Yunus Anis aktif sebagai mubalig. Ia terjun ke tengah-tengah masyarakat di berbagai daerah di Tanah Air untuk mengembangkan misi dakwahnya dan sekaligus menyebarluaskan gerakan Muhammadiyah. Sebagai mubalig, Yunus Anis pernah bertugas di Sigli, Aceh, Padang Panjang, Sumatera Barat, Makassar dan Alabio Kalimantan Selatan. Di daerah-daerah yang pernah ditinggalinya ini Yunus Anis mendirikan cabang-cabang Persyarikatan Muhammadiyah. Yunus Anis kembali ke Yogyakarta karena diminta membina ortom (organisasi otonom) Hizbul Wathan. Dalam Apel Besar Htzbul Wathan di Alun-Alun Utara Yogyakarta, Yunus Anis hadir sambil menunggang kuda untuk memeriksa pasukan.
HM Yunus Anis pernah menjabat beberapa posisi penting di Muhammadiyah. Di antaranya Ketua Taman Pustaka, Pemimpin Redaksi Suara Muhammadiyah, Sekretaris PP Muhammadiyah dan Ketua Umum PP Muhammadiyah. Ia dikenal sebagai organisator dan administrator. Ini tampak dari usahanya meningkatkan kemajuan Muhammadiyah melalui perbaikan administrasi. Sampai pada kepemimpinannya (1959), administrasi Muhammadiyah boleh dibilang masih semerawut. Ia pun menyusun konsep perbaikan administrasi, yang kemudian dipraktekkan di cabang dan ranting Muhammadiyah se-daerah Istimewa Yogyakarta. Untuk keperluan itu, maka dia mencetak 200 eksemplar buku panduan administrasi. PP. Muhammadiyah kemudian menindaklanjutinya dengan menyelenggarakan kursus yang diikuti oleh pimpinan cabang dan ranting dari berbagai daerah Indonesia. . Kursus itu dilaksanakan selama satu bulan, setiap satu minggu dua kali bertempat di Standaard School Muhammadiyah di Suronatan Yogyakarta.
Berkat usaha HM Yunus Anis itu, Muhammadiyah kini mempunyai arsip dokumen administrasi. Dan dari arsip-arsip itulah orang biasa menyusun sejarah Muhammadiyah. Andaikan administrasi Muhammadiyah tidak ditertibkan, akan banyak data perjalanan Muhammadiyah tidak bisa ditemui.
Pada periode kepemimpinan Yunus Anis, Muhammadiyah melahirkan Rumusan Keperibadian Muhammadiyah. Tujuannya untuk pemurnian Muhammadiyah, meluruskan proses gerak Muhammadiyah. Perumusan tersebut digarap oleh sebuah tim yang diketuai oleh KH. Faqih Usman, dan akan diputuskan dalam Muktamar Muhammadiyah ke-35 tahun 1962 yang bertepatan dengan kegiatan Setengah Abad Muhammadiyah.
HM Yunus Anis wafat pada tahun 1979 dan dimakamkan di Yogyakarta.
