Pada 8-11 Juli 2000 berlangsung muktamar Muhammadiyah ke-44 di Jakarta. Pada acara pembukaan, hadir para petinggi Republik seperti Presiden Abdurrahman Wahid, Ketua MPR M. Amien Rais dan Ketua DPR Akbar Tandjung, yang ketiga-tiganya pernah memimpin organisasi Islam. Seperi sudah menjadi tradisi dalam setiap muktamar, ketua diharuskan menyampaikan pidato iftitah (pembukaan). Pada kesempatan Syafii Maarif antara lain mengatakan,
“Sampai dengan Muktamar ke-4I Surakarta 1985, Muhammadiyah telah mengubah dan memperbarui Anggaran Dasarnya sebanyak 12 kali, dan Anggaran Rumah Tangga sebanyak tujuh kali. Persyarikatan ini tidak pernah mensakralkan anggaran dasarnya, apalagi memberhalakannya, sebab bila itu terjadi risikonya hanya satu: memasung diri dalam kepengapan dan kebuntuan kultural. Analog dengan ini pula, UUD 1945 yang “disucikan” selama sekian dasawarsa adalah salah satu sebab utama mengapa kita masih saja kebingungan dalam mencari format dan sistem politik yang lentur dan pas bagi bangunan sebuah bangsa dan negara modern. Pengalaman ini semestinya mengajarkan kepada kita bahwa “pemberhalaan” suatu ciptaan hasil pemikiran adalah pertanda dari lonceng kebangkrutan dan kematian yang dapat menyebabkan kita kehabisan agenda dan wacana.
Sudah berjalan hampir 60 tahun pasca proklamasi, kita belum juga memiliki sistem politik yang mantap, sementara korban manusia karena sistem-sistem otoritarian yang diberlakukan ribuan jumlahnya. Semoga jumlah ini tidak bertambah lagi. Cukup sampai di sini saja penderitaan yang ditimpakan atas jiwa dan raga rakyat banyak. Akrobatik dan petualangan politik yang amoral jangan lagi diteruskan! Para politis yang masih rabun ayam (myopic) diharapkan agar mempertajam visi masa depannya, agar lebih mengutamakan kepentingan bangsa dan negara secara keselurahan, dan untuk jangka panjang. Maka Muhammadiyah menawarkan diri kepada seluruh komponen kekuatan masyarakat yang memiliki sense of crisis untuk bahu membahu dalam menjaga dan memelihara bangsa ini agar tidak terus bergerak dan meluncur menuju jurang kehinaan dan kehancuran. Muhammadiyah sadar betul bahwa tanggung jawab kita sebagai manusia yang beriman tidak hanya terhenti di dunia fana ini saja, tetapi berlanjut sampai ke seberang makam. Oleh sebab itu, masa hidup yang pendek dan singkat tidak boleh dihabiskan untuk sesuatu yang sia-sia…
…Muhammadiyah dengan filsafat sosialnya yang telah teruji tidak akan pernah putus asa dan patah harapan. Bangsa ini adla milik kita semua. Kita tidak akan lari meninggalkan bangsa yang sedang dililit banyak masalah ini. Oleh sebab itu dalam kapasitas dan posisi kita masing-masing, kita harus berbuat yang terbaik untuk kepentingan semua dan sesama, berapa pun biaya yang perlu dikeluarkan untuk itu.”
Setiap kali dalam penyelenggaraan muktamar, apalagi organisasi besar seperti Muhammadiyah, seperti biasa lebih terpikat untuk menurunkan berita siapa figur-figur yang akan bersaing untuk memperebutkan kursi nomor satu. Pers mengabarkan bahwa akan terjadi pertarungan segitiga yang sengit antara Syafii Maarif, Malik Fadjar dan Din Syamsuddin. Syafii sendiri, tiga bulan sebelum muktamar pernah diberitahu oleh Amien Rais yang khawatir bahwa dia akan terjungkal dalam pemilihan, karena kurang mengunjungi wilayah dan daerah. Tapi Syafii tampak enteng-enteng saja, dengan menjawab terserah para pemilih di muktamar saja. Kalau dia dipilih berarti dia harus melanjutkan kepemimpinannya untuk periode lima tahun mendatang. Kalau akhirnya harus mental, ya dia terima saja. Dan itu berarti bahwa dia memang tidak cukup mengakar di kebun Muhammadiyah. Jadi, biarlah orang lain yang dipilih, apalagi umurnya waktu itu sudah tergolong lansia, 65 tahun lebih. Tetapi sebulan kemudian, Amien menyatakan keyakinannya kepada Syafii bahwa dukungan untuknya sudah makin meluas. Sekalipun, kata Syafii, tanpa menggunakan tim sukses yang memang tidak disukainya. Muhammadiyah memang bukan partai politik, tapi nuansa politik dalam menghadapi pemilihan pimpinan, kata Syafii, selalu terasa. Untunglah, hal itu, kata dia, masih dalam batas-batas yang tidak terlalu jauh, misalnya main uang. Sebab, kata dia, “Sekali Muhammadiyah dibencanai oleh praktik amoral ini, wibawa organisasi ini akan sangat merosot di depan publik. Ongkosnya teramat mahal jika Muhammadiyah dijadikan ajang pertarungan duniawi yang bernilai rendah itu. Warga dan simpatisan Muhammadiyah tampaknya sungguh berharap agar gerakan Islam ini terhindar dari praktik-praktik busuk dan pengap iu. Dalam perkara yang satu ini, Muhammadiyah jangan sampai menjadi bagian dari Indonesia yang sudah oleng secara moral. Suasana partai politik jangan ditanya lagi. Permainan uang seakan telah menjadi norma. Orang melakukannya tanpa rasa dosa dan bersalah. Ini pertanda bahwa kepekaan moral telah semakin terkikis dilanda nafsu mumpungisme. Bagaimana berharap agar negeri ini semakin membaik, jika para pemain politik dan ekonominya banyak yang bermental maling.”
Akhirnya Syafii terpilih sebagai Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah untuk periode 2000-2005, dengan memperoleh 1282 suara. Sedangkan dua pesaingnya yaitu M. Din Syamsuddin mendapat 1048 suara, sedangkan suara A. Malik Fadjar sedikit di bawah Din dengan mengantongi 1041 suara. Disusul berturut-turut kemudian adalah A. Rosjad Sholeh (1034), Yahya A. Muhaimin (971), M. Amin Abdullah (940), Ismail Suny (921), M. Dawam Rahardjo (910), Ahmad Watik Pratiknya (803), M. Muchlas Abor (788), Asjmuni Abdurrahman (769), Haedar Nashir (748), dan M. Sukriyanto A.R. (706).
Setelah perolehan angka-angka tersebut diumumkan, maka ke-13 orang yang terpilih itu menggelar rapat pertama untuk menetapkan siapa ketua PP Muhammadiyah yang akan diusulkan kepada muktamar. Secara aklamasi rapat menetapkan Ahmad Syafii Maarif, walaupun dalam tradisi Muhammadiyah tidak ada ketentuan bahwa yang memperoleh suara terbanyak otomatis menjadi ketua. Bukankah ini terjadi pada muktamar tahun 1968 di mana A.R. Fachruddin memperoleh suara terbanyak, yang ditetapkan adalah K.H. Fakih Usman?
Meskipun sudah punya sedikit pengalaman, Syafii Maarif merasa bahwa periode lima tahun ke depan yang akan dijalaninya cukup berat. Karena itu dia harus benar-benar siap mental. Dia pun mulai berupaya melepaskan diri dari bayang-bayang Amien Rais yang sudah dikenal sebagai tokoh politik nasional terkemuka. Selama ini Syafii selalu menunjukkan sikap “mengalah” jika berhadapan dengan Amien Rais dan pendukungnya, demi menjaga keutuhan Muhammadiyah. Sekarang saatnya untuk menunjukkan bahwa dirinya tidak lagi bisa didikte oleh Amien Rais. Sebab yang terpenting, baginya, adalah bagaimana menjaga citra Muhammadiyah, sebagai kekuatan sipil yang indepnden via a vis politik kekuasaan, tidak rusak di depan publik. “Banyak pujian yang disampaikan kepadaku dari berbagai kalangan karena aku dinilai berhasil menjaga Muhammadiyah dari tarikan politik kanan-kiri,” kata Syafii.
Tidak berarti Syafii bisa bebas sepenuhnya dari tekanan perasaan. Tapi baginya, perasaan yang dirasainya kurang sedap itu sendirinya akan sirna seiring bergulirnya waktu. “Aku mau berdamai dengan siapa saja,” katanya, “asalkan dilakukan dengan tulus dan autentik. Hidup yang singkat ini tentu tidak elok dipakai untuk sesuatu yang sia-sia. Inilah filosofi hidupku yang sederhana yang terasa semakin tajam setelah aku menjadi Ketua PP Muhammadiyah.”
Di awal tahun 2002, persisnya pada Sidang Tanwir di Denpasar, Bali, 24 Januari, terjadi gesekan kecil antara Syafii Maarif dan Amien Rais. Kejadiannya bermula dari undangan PP kepada Presiden Megawati agar memberi sambutan di Tanwir. Undangan kepada Megawati ini dimaksudkan sebagai sosialisasi dakwah kultural. Presiden, didampingi suaminya Taufik Kiemas, datang dan memberi sambutan pada pembukaan tanwir. Amien Rais yang diundang secara khusus, semula juga datang. Tetapi sesudah tahu bahwa Megawati juga hadir, dia urung muncul pada acara pembukaan itu. Upaya anggota PP meyakinkan Amien Rais supaya tidak mengurungkan niatnya gagal. Din Syamsuddin pun kena getahnya karena orang mengira dialah yang mengundang Megawati, sementara Syafii tidak bisa mengontrol koleganya itu. Kata Syafii Maarif, yang benar adalah PP yang mengundang Presiden Megawati, dan dia mendukungnya, dan hal itu diputuskan dalam rapat pleno PP. Meski begitu, Amien Rais tetap menolak untuk hadir, lalu meninggalkan Bali. Syafii masih ingat waktu itu Amien melontarkan kata-kata, “Dulu kita sudah sepakat untuk tidak membungkuk-bungkuk kepada penguasa.” Syafii pun membalas, “Siapa yang membungkuk-bungkuk? Tidak seorang pun. PP mengundang Presiden adalah dalam rangka dakwah kultural dan itu melalui keputusan rapat, bukan kemauan seseorang.” Amien Rais, kata Syafii, tidak mau mendengar semua alasan ini. “Akhirnya Sidang Tanwir berjalan bagus dan semarak tanpa Amien Rais.”
Belakangan Syafii mendapat info dari Rizal Sukma, yang waktu itu menjadi bagian dari Tim Amien Rais, bahwa di lingkungan terdekat Amien ada kecurigaan bahwa Syafii sedang mempertimbangkan untuk menerima tawaran calon wakil presiden. Maka dapat dipahami jika Amien merasa terganggu di Denpasar dengan kedatangan Megawati. Jauh-jauh hari sebenarnya Syafii Maarif sudah menegaskan bahwa “Sesama bus kota dilarang saling mendahului.” Dengan demikian posisinya jelas sudah: Amien dari Muhammadiyah, dia juga dari Muhammadiyah. “Apakah layak dari sudut moral dan etika jika aku mempersulit Amien Rais sebagai calon presiden, sekiranya aku turut pula dalam perlombaan politik yang melelahkan itu?” Dia mengaku semakin sulit memahami cara berpikir Amien Rais, sejak Tanwir di Denpasar itu. Dia terkadang begitu emosional dan temperamental, padahal yang memilih Megawati adalah MPR pimpinan Amien Rais setelah mencabut mandat Presiden Abdurrahman Wahid. Lebih jauh dia mengatakan,
“Aku melihat permainan politik itu kejam, ganas, kawan dan lawan sering berubah tergantung kepada kepentingan jangka pendek… Dalam perseteruan ini, aku menyaksikan betul bahwa apa yang bernama iman yang mengharuskan orang menjaga persaudaraan sering tidak berfungsi. Kekuasaan itu, kata orang, memang dapat membutakan hati manusia. Kearifan dalam bersikap sering pupus begitu saja ditiup angin politik yang bertiup tak terkendali.”
