Kolaborasi Pangeran Diponegoro dengan kaum santri, khasnya Kiai Mojo, dalam Perang Jawa bubar di tengah jalan. Dan sang Pangeran merasa para ulama telah meninggalkannya. Karena berbeda tradisi dalam memahami ajaran Islam?
Tahun 1830 setelah Pangeran Diponegoro ditangkap Belanda di Magelang, melalui sebuah tipu muslihat, ia mulai menjalani proses pembuangan. Mula-mula ia dibawa ke Semarang dan Batavia, setelah itu diasingkan ke Menado dan akhirnya ke Makassar sampai meninggalnya (8 Januari 1855).
Dalam perjalanan dari Magelang ke Semarang dan Batavia, kepada pengawalnya, Mayor De Stuers, Diponegoro mengeluh tentang sikap para ulama. Kata dia, “Mereka seharusnya tetap setia kepada saya. Sejak kecil dan selama perang saya terus-menerus menerima nasehat mereka dan saya percayai, tetapi sekarang mereka adalah orang yang pertama meninggalkan saya……”
Perang Jawa atau Perang Diponegoro (1825-1830) yang dipimpin sang Pangeran memang mendapat dukungan yang besar dari kaum santri. Yang paling menonjol adalah Kiai Mojo, seorang ulama terkenal dari daerah Surakarta. Berkat pengaruh kiai yang masih punya hubungan kekerabatan dengan sang pemimpin perang, sebanyak 112 kiai, 31 haji, 15 syekh, dan puluhan penghulu bergabung dengan perang suci melawan kolonial Belanda ini.
Namun sayang, dalam perjalanan timbul bermacam-macam masalah antara Diponegoro dan Kiai Mojo. Diponegoro menuduh Kiai Mojo hendak mendirikan sebuah keraton dan dinasti baru di daerahnya, karena keluarganya sudah punya kewenangan di beberapa desa perdikan. Sedangkan Kiai Mojo menuduh Diponegoro, berusaha mengembangkan agama, tetapi di samping itu terlalu cepat mendirikan sebuah keraton. Dengan kata lain, selain agama, motif peperangan Diponegoro dalam pandangan Kiai Mojo adalah untuk meraih kekuasaan atau menjadi sultan. Akhirnya kerja sama antara dua tokoh ini gagal. Dan pada November 1828 Kiai Mojo dan beserta separuh pengikutnya menyerah kepada Belanda di Klaten.
Diponegoro memang menyebut dirinya “Sultan Ngabdulkamid Herucakra Kabirulmukminina Kalifatul Rasullah Hamengkubuwono Senapati Ingalaga Sabilulah ing Tanah Jawa”. Penyebutan ini sesungguhnya juga menunjukkan bahwa pemahaman keagamaan Diponegoro yang masih bercampur dengan pikiran tentang Ratu Adil, yang tentu berlawanan dengan paham keislaman Kiai Mojo yang berlandaskan pada syariat. Sesungguhnya ibu Diponegoro adalah anak seorang kiai dari Tembayat dan pengasuhnya (emban) di Tegalrejo adalah anak seorang kiai dari Sragen. Sedang adiknya belajar kepada kiai Taftayani. Ia memang berusaha mengembangkan dan menyempurnakan agama Islam, tetapi jalan yang ditempuhnya berbeda dengan yang ditempuh kaum santri pada umumnya. Dalam pencarian agamanya Diponegoro juga menempuhnya melalui cara-cara para leluhur, melalui semedi, menyepi di gua-gua, bahkan berdialog dengan penguasa Laut Selatan.