Mbah Said Gedongan menolak bayar pajak ke pemerintah kolonial Belanda. Ia pun dipecat sebagai imam besar di Keraton Cirebon.
Pada zaman kolonial Belanda banyak ulama Cirebon yang mendirikan pesantren di pingiran kota, seperti formasi mengurung kraton. Hal ini dimaksudkan sebagai bentuk perlawanan halus terhadap Belanda yang banyak melakukan intervensi terhadap kebjakan keraton, sehingga Keraton Cirebon kehilangan kedaulatannya. Ini pula yang dilakukan K.H. Muhammad Said yang mendirikan Pesantren Gedongan pada tahun 1888 di Desa Ender, Kecamatan Pangenan.
Di daerah ini, ia bersama pengikutnya mengembangkan ajaran Islam melalui wadah pesantren. Selain sebagai pengasuh pesantren, ia juga seorang pejuang yang tidak mau berkompromi dengan penjajah Belanda. Sebagai bentuk perlawanannya terhadap Belanda ia menolak membayar pajak dan justru menyatakan “Belandalah yang harus membayar pajak kepada bangsa kita”. Atas pembangkangannya tersebut Belanda mendesak Sultan Cirebon untuk memecatnya dari posisi imam besar. Keputusan ini ia terima dengan lapang dan bersyukur karena dengan demikian ia memiliki waktu penuh untuk mengajar di pesntrennya.
Seperti diceritakan KH Amin Siroj, cicit KH Muhammad Said Said, pengauh Pesantren Gedongan, Mbah Said meminta salah seorang santrinya untuk menghadap orang Belanda di Kawedanan agar kereta api jurusan Jakartai-Surabaya berhenti di belakangan pesantren. Ditolak karena tidak ada alasan bagi pemerintah Hindia Belanda kereta berhenti di belakang pesantren karena di sekitar situ tidak ada pasar dan pabrik gula. Mbah Said kembali menyuruh santrinya untuk mengajukan kembali permohonannya. Tetap ditolak. Kembali memohon, dan tetap ditolak. “Ya sudah, kalau begitu kita tidak usah memohon atau meminta izin kepada Belanda. Saya minta izin langsung kepada Allah SWT saja. Dia Yang Maha Merestui,” kata Mbah Said kepada santrinya.
Keesokan harinya, Pesantren Gedongan tampak riuh. Puluhan santri asal beberapa kota di Jawa bagian Timur dan Batavia berjalan menuju pesantren dari arah perlintasan kereta api. Yang membuat santri lain terheran ialah kedatangan teman sepesantrennya itu didampingi para opsir Belanda.
“Ada apa ikut-ikutan ke sini?” tanya Mbah Said kepada salah satu opsir Belanda.
“Saya hendak protes, Kiai. Mengapa dua kereta api kami jurusan Surabaya–Jakarta dan sebaliknya sama-sama mogok. Dan mendapati kerusakan mesin di belakang pesantren?”
“Bukan rusak, itu hanya berhenti sementara untuk menurunkan santri. Lekas kalian kembali ke kereta, nanti ketinggalan,” jawab Mbah Said.
Benar. Tak berapa lama kereta api pun menguik, siap melanjutkan perjalanan.
Tidak ada informasi mengeni tanggal dan tahun kelahiran dan kematiannya. Tetapi diperkirakan ia lahir di awal abad ke-19. Ia lahir di daerah Tuk-Sindang Laut, Kota Cirebon. Ia merupakan putra dari K.H. Murtasim, yang a memiliki silsilah sampai Syeikh Syarif Hidayatullah (Sunan Gunung Jati).
Semasa kecil ia menimba ilmu di Pesantren Babakan Lor, Cirebon. Kemudian ia melanjutkan belajarnya ke Pesantren Kajen, Tegal, Jawa Tengah, pimpinan K.H. Ubaidillah. Dalam pengembaraan ilmunya ia dipertemukan dengan ulama-ulama besar sezamannya seperti, K.H. Kholil dari Bangkalan Madura dan K.H. Munawwir dari Krapyak Yogyakarta. Bahkan ia diesebut sebagai penentu lokasi Pesantren Krapyak, dan lokasi pembuatan sumur pesantren. Ia menikah Nyai Maimunah putri K.H. Muta’ad Buntet yang merupakan menantu Mbah Muqoyyim. Mbah Muqoyyim atau K.H. Muqayyim adalah seorang ulama sekaligus mufti Keraton Kanoman yang keluar dari Keraton Cirebon dan mendirikan pesantren untuk pertama kalinya di Cirebon pada tahun 1750. Dari pernikahan ini mereka dikaruniai 13 putra-putri, di ntaranya K.H. Siroj, K.H. Abdul Jamil, K.H. Sholeh dan beberapa kiai besar di Jawa, di antaranya K.H. Mahrus Lirboyo dan K.H. Maimun Rembang yang memiliki garis keturunan dengan K.H. Muhammad Sa’id. Sepeninggal K.H. Muhammad Said, Pesantren Gedongan dilanjutkan oleh anak cucu keturunannya seperti K.H. Amin Siroj, cucu K.H. Muhammad Said, dan dibantu beberapa kyai seperti K.H. Mukhlas Dimyathi, K.H. Abu Bakar, K.H. Bisyri Imam dan lain-lain. Meski pesantren ini dikenal pesantren hafidzul Qur’an, di Pesantren Gedongan juga tersedia pendidikan formal dan non formal. Kini, Pesantren Gedongan mempunyai santri sekitar 1500-an dan terus bertambah. Anak cucu keturuan Mbah Said pun memiliki pesantren di luar Gedongan seperti Kempek Cirebon dan Lirboyo Kediri. Ketua Umum PBNU K.H. Said Aqil Siroj yang juga pengasuh Pesantren Kempek adalah keturunannya
